O CEPTA (Centro Nacional de Pesquisa e Conservação da Biodiversidade Aquática Continental), com jurisdição em todo o território nacional, é o centro nacional especializado do ICMBio responsável pela realização de pesquisas científicas e ações de manejo para conservação e recuperação de espécies ameaçadas, especialmente peixes continentais, e de monitoramento da biodiversidade das bacias hidrográficas brasileiras, com ênfase nos impactos de empreendimentos e demais atividades antrópicas, assim como auxiliar no manejo das Unidades de Conservação federais, por meio de estudos e monitoramento para conservação e uso sustentável da sua ictiofauna;

Em sua rotina institucional, desenvolve pesquisas científicas, monitoramentos ambientais, ações para a conservação da biodiversidade e avaliações do estado de conservação dos peixes continentais brasileiros, além de programas específicos voltados para as espécies de peixes continentais ameaçados de extinção na natureza.

O CEPTA conta com excelente estrutura física voltada à sua missão dentro do ICMBio. Possui diversos prédios, onde se destacam os laboratórios de Genética e Reprodução de Peixes; Laboratório de Ictiologia; Laboratório de Limnologia; Laboratório de Saúde, Bem Estar e Controle de Enfermidades de Espécies de Peixes Ameaçados de Extinção; Laboratório de Biotecnologia e Laboratório de Citogenética e Biologia Molecular. Possui ainda Biblioteca técnica especializada, Alojamento, além de inúmeros viveiros e tanques, onde são desenvolvidas nossas pesquisas e de instituições parceiras, e onde também se mantém um Banco Genético ex-situ de espécies ameaçadas de extinção.